Primeros pasos con Sextante y R en Qgis

La primera vez que trabaje con Sextante me gusto mucho pero ni de lejos me imaginaba donde se podía llegar con esta herramienta. La gran sorpresa vino cuando Víctor Olaya el creador de Sextante se puso a trabajar en la integración de Sextante con R (el mejor paquete de herramientas estadísticas que yo conozco). Esta integración abre un mundo de posibilidades. Hoy aprenderemos los primeros pasos para trabajar con Sextante y R dentro de Qgis 2.0.

El primer paso es instalar R en nuestro ordenador si no lo tenemos instalado. Puedes descargar R aquí. Si utilizas Linux y en concreto Ubuntu lo puedes instalar desde su repositorio de aplicaciones. Una vez tenemos instalado R configuraremos Qgis para poder ejecutar los scripts de R. para ello vamos al menú de processing>>options and configuration, donde nos aparecerá la ventana de opciones en donde podremos activar R y la ruta de los scripts, tal y como se ve en la imagen de abajo.

Ahora ya podemos empezar a crear nuestro primer script de R con Sextante. Antes de lanzarnos a la piscina conozcamos algunos ejemplos de los comandos para crear uno de estos scripts (gracias a al blog  http://conservationecology.wordpress.com por su trabajo).

##[grupo  scripts]= group
configura el nombre del grupo del scripits.

##layer = vector o rasterEspecifica si la capa de entrada es vectorial o raster

##distance= 100
Configura por defecto el campo tipo numero en este caso por defecto en 100

##title= string texto
Configura el texto de entrada

##field = field layer
Selecciona un campo de la capa vectorial “layer”

hist(layer[[field]])
Comando de R: histograma de los campos ‘field’ de la capa ‘layer’

##showplots
Tiene que ser configurado para poder ver las gráficas de salida

>t.test(layer[[field]])para la  salida por consola se pone ‘>’ antes del comando R

##output=output vector
Fichero de salida como vector o raster

Vistos estos ejemplos de comando pongamonos manos a la obra para hacer nuestro primer script. Este lo podemos hacer con un editor de texto o con el editor de sextante. Solo hay que tener en cuenta que la extensión del archivo debe ser .rsx. Antes de empezar con el script pon el modo de visualización del panel de sextante en ‘Advanced interface’ de este modo visualizaremos mejor los script d R que vamos a crear. Empezaremos por algo muy simple una gràfica de barras

##[test]= group
##layer=vector
##field=field layer
##showplots
barplot(layer[[field]])


Para gvSIG seria igual salvo que cambiariamos las ## por // quedando de la siguiente forma:

//test= group
//layer=vector
//field=field layer
//showplots
barplot(layer[[field]])

Con este script mostramos la gráfica de barras de los campos que seleccionemos en la ventana del script que se crea automáticamente.

El resultado es el siguiente:Podemos mejorar el resultado añadiendo paràmetros de Rplot tales como el nombre del ejeX , título, color, etc… Para hacer esto es necesario definir un nuevo campo de nuestros datos que contendrá las etiquetas del ejeX. El código resaltado en rojo dentro de barplot son las variables que hemos definido con el script de Sextante el resto es código de R

##[test_pau]= group
##layer=vector
##campo=field layer
##etiquetas=field layer
##showplots
barplot(layer[[campo]],main="Temperaturas medias del mes",
ylab="Temperatura", names.arg=(layer[[etiquetas]]),
col=("darkblue"),las=2)

La ventana que se crea es la que se muestra abajo y como ves el nombre de los parámetros de entrada se corresponde con el que hemos puesto en el código (hay que mantener el nombre ‘layer’ para que funcione)

La salida queda de la siguiente forma.Espero que esto os sirva para perder el miedo a los scripts de Sextante.